Kaikki viranomaiselle toimitetut asiakirjat tulevat julkisuuslain mukaan lähtökohtaisesti julkisiksi, kun viranomainen on saanut ne. Tämä koskee myös kustannustukihakemuksia. Kuka tahansa voi saada tiedon hakemuksista pyytämällä.
Kustannustukihakemus voi kuitenkin sisältää julkisten osien ohella salassa pidettäviä tietoja, joita ei luovuteta virastosta eteenpäin. Mikäli hakija katsoo, että hänen hakemuksessaan on (viranomaisten toiminnan julkisuudesta annetun lain 24 §:n 1 momentin 20 kohdan mukaisia) liike- tai ammattisalaisuuksia, hakija voi hakemuksella ilmoittaa liikesalaisuuksiksi katsomansa tiedot sekä millä perustein hakija pitää ilmoittamiaan tietoja salassa pidettävinä. Näin Valtiokonttori tietää, mitä asioita hakija itse pitää liikesalaisuuden piiriin kuuluvana. Lopullinen päätösvalta siitä, miltä osin asiakirja on salassa pidettävä, on kuitenkin lain mukaan Valtiokonttorilla.